Prywatne i państwowe placówki służby zdrowia, w odróżnieniu od innych firm, nie mogą odliczyć VAT m.in. przy zakupie nowego sprzętu, rozliczeniu usług doradców czy innych podwykonawców oraz faktur potwierdzających zakup towarów i usług. Jak podkreśla Marek Kowalski, przewodniczący Federacji Przedsiębiorców Polskich: „Wynika to z przepisów, które uwolniły usługi medyczne z podatku od towarów i usług. Ich celem było obniżenie kosztów leczenia. Niestety, regulacje te spowodowały, że podmioty medyczne stały się finalnym płatnikiem podatku i muszą opłacać de facto zakup towarów i usług w cenach brutto. To sprawia, że polskie szpitale ponoszą zdecydowanie większe koszty. Nie jest tajemnicą, że działalność medyczna wymaga znaczących nakładów finansowych. Tymczasem zmiana zapisów prawnych pozwoliłaby na oszczędności idące w setki milionów, jak nie miliardy złotych. Wystarczy tylko przypomnieć, że zadłużenie polskich szpitali w październiku 2015 r. wynosiło ok. 10 mld złotych”.

W ocenie Federacji, zadłużenie sektora szpitalnego wymaga skutecznej reakcji rządu. Jednym z sugerowanych rozwiązań może być wprowadzenie możliwości odliczania VAT przez szpitale, co obniży i urealni koszty funkcjonowania placówek. Umożliwienie odliczania VAT dla szpitali pozwoliłoby na uwolnienie znaczących środków, dzięki czemu poprawiłaby się zarówno bieżąca sytuacja finansowa, jak też możliwości podejmowania nowych inwestycji.